Edit Distance

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개요

문자열을 비교할 때는 오탈자가 있는 문자열을 고려해야 하는 경우가 있으며, 이를 위해서 근사(approximate) 매칭이 필요하다. 이를 위해서 두 문자열이 얼마나 다른지를 측정하는 척도가 필요하며, 이를 Edit Distance라고 한다. 이는 문자열 A를 문자열 B로 바꾸기 위해 필요한 최소 변경 횟수에 해당한다. Edit Distance는 보통 세 가지 연산을 기반으로 한다:

1. Substitution (치환): 한 글자를 다른 글자로 바꾸기
2. Insertion (삽입): 문자 하나를 새로 삽입
3. Deletion (삭제): 문자 하나 삭제

Simple Recursive Algorithm

Edit Distance 계산은 문자열 뒤에서부터 비교하면서 재귀적으로 해결할 수 있다. 이는 두 문자열 두 문자열 S[1..i], T[1..j]이 있을때 마지막 문자를 비교하여 해결할 수 있다. 만약 비교하는 두 문자가 같으면 비용 증가 없이 이전 문제로 이동한다. 반면 두 문자가 다른 경우에는 substitution을 통해 Edit Distance를 1 증가시킨다.

Recurrence Relation

위에서 설명한 원리를 점화식으로 풀면 아래와 같다:

[math]\displaystyle{ D[i, j] }[/math] is minimum of:
• [math]\displaystyle{ D[i - 1, j - 1] }[/math] if [math]\displaystyle{ S[i] = T [j] }[/math]: 둘이 같으면 비용 추가 안 됨
• [math]\displaystyle{ D[i - 1, j - 1] + 1 }[/math] if [math]\displaystyle{ S[i] \ne T [j] }[/math]: 둘이 다르면 substitution 필요
• [math]\displaystyle{ D[i, j - 1] + 1 }[/math] for an insertion into [math]\displaystyle{ S }[/math]: T에서 문자를 하나 가져오는 경우(insertion)
• [math]\displaystyle{ D[i - 1, j] + 1 }[/math] for a deletion from [math]\displaystyle{ S }[/math]: S에서 문자를 하나 버리는 경우(deletion)

Recursive Edit Distance Code

아래는 단순 재귀 기반의 알고리즘을 C 코드로 옮긴 예시이다:

#define MATCH   0      /* enumerated type symbol for match */
#define INSERT  1      /* enumerated type symbol for insert */
#define DELETE  2      /* enumerated type symbol for delete */

int string_compare_r(char *s, char *t, int i, int j) {
    int k;             /* counter */
    int opt[3];        /* cost of the three options */
    int lowest_cost;   /* lowest cost */

    if (i == 0) {      /* indel is the cost of an insertion or deletion */
        return (j * indel(' '));
    }

    if (j == 0) {
        return (i * indel(' '));
    }

    /* match is the cost of a match/substitution */

    opt[MATCH]  = string_compare_r(s, t, i-1, j-1) + match(s[i], t[j]);
    opt[INSERT] = string_compare_r(s, t, i,   j-1) + indel(t[j]);
    opt[DELETE] = string_compare_r(s, t, i-1, j  ) + indel(s[i]);

    lowest_cost = opt[MATCH];

    for (k = INSERT; k <= DELETE; k++) {
        if (opt[k] < lowest_cost) {
            lowest_cost = opt[k];
        }
    }

    return (lowest_cost);
}

Recursive Algorithm Using DP

위에서 구현한 단순한 재귀 알고리즘은 같은 (i, j) 상태를 수백 번, 수천 번 다시 계산한다. 이때 전체 가능한 상태의 수는 [math]\displaystyle{ |S|\times |T| }[/math] 뿐인데, 이를 매번 재계산하기 때문에 비효율적이다. 실제로, 단순 재귀 알고리즘을 실제로 구현할 경우 시간 복잡도는 무려 [math]\displaystyle{ O(3^(m+n)) }[/math]이다.

이를 단축시키기 위해 (i, j)를 계산한 값을 테이블에 저장하고, 이를 다시 사용하여 시간을 단축시킬 수 있다. 이는 동적 프로그래밍(DP)을 활용하여 구현될 수 있다. 이를 구현하기 위한 DP 테이블은 2D 배열 m[i][j]으로 구성된다. 테이블의 각 칸에는 그 위치까지 컴퓨팅한 최소 비용(cost)과, 어떤 연산(MATCH/INSERT/DELETE)으로 이 칸에 왔는지 추적하기 위한 포인터(parent)가 저장된다. 이때 parent는 실제 편집 경로(edit sequence)를 복원하는 데에 사용된다. 아래는 해당 자료구조를 C언어 코드로 구현한 예시이다:

typedef struct { 
    int cost;               /* cost of reaching this cell */
    int parent;             /* parent cell */
} cell;

cell m[MAXLEN+1][MAXLEN+1]; /* dynamic programming table */

이때 위의 DP 테이블 인덱스(i, j)를 문자열 인덱스와 동일하게 사용하기 위해서는 문자열의 첫 인덱스에는 아무것도 저장하지 않아야 한다. 예를 들어 문자열 배열 s에 "An"을 저장하고자 한다면 s[0]=, s[1]='A', s[2]='n'과 같이 저장된다.

이 알고리즘이 단순 재귀적인 알고리즘과 구분되는 점은 재귀 알고리즘과 같이 D[i][j]를 계산하기 위해서 D[i−1][j], D[i][j−1], D[i−1][j−1]를 또 재귀 호출하는 대신 배열 lookup을 사용하여 단순히 테이블에 저장된 값을 읽기만 하여 훨씬 빠른 속도를 보장하고, parent 포인터를 저장하여 편집 경로를 복원할 수 있다는 것이다. 또한 goal_cell() 같은 일반화된 함수 사용하여 여러 문제로 이를 확장할 수 있다는 장점이 있다.